Horacio Duarte fue clave para encabezar la defensa del fraude en la elección presidencial de 2006. En ese momento, Horacio era el representante del PRD ante el llamado IFE en la elección presidencial que se llevó a cabo el 2 de julio de ese año, en la que, de acuerdo con el entonces órgano electoral, hubo una diferencia de 243 mil 934 votos que supuestamente le dieron el triunfo a Calderón.